A cidade de Cristais tem sua história marcada por uma capela construída sob a invocação de Nossa Senhora da Ajuda, datada da década de 1790. Somente em 1946, obteve sua emancipação política, até então estava atrelada ao município de Campo Belo. Algumas das principais famílias que tiveram ligação com a história de Cristais incluem os Valladão, Maia, Pinheiro, dos Reis, Ferreira, Fidelis Pinto e Pires de Moraes.
A região serviu de refúgio para os índios Cataguases, que fugiam constantemente da perseguição dos bandeirantes. Por volta de 1676, Lourenço Castanho Jacques exterminou completamente essa feroz tribo indígena, marcando assim o início do desbravamento e povoação do território do município.
Inicialmente, os primeiros habitantes foram atraídos pelo cristal de rocha (quartzo hialino), abundante na região, sendo esta a origem do nome do município: Cristais. Contudo, com o esgotamento das jazidas e a dificuldade na extração do mineral, a população passou a se dedicar à agricultura e à pecuária, que se tornaram os principais fatores de desenvolvimento do local.
Não há documentos conhecidos que esclareçam quais foram as primeiras pessoas a se fixarem na região, mas a tradição menciona Romão Fagundes e um senhor conhecido apenas pelo nome de Peixoto como os primeiros moradores, entre 1780 e 1800.
Supõe-se que a primeira edificação no local tenha sido uma capela dedicada a Nossa Senhora da Ajuda, feita em alvenaria. Essa capela, atualmente a Matriz Paroquial, possui uma pia batismal com a data de 1806 inscrita em seu pedestal, indicando possivelmente o período de sua construção, por volta de 1800.
Devido à intensa extração de cristal, o povoado da Capela de Nossa Senhora da Ajuda se desenvolveu rapidamente. Em 7 de setembro de 1880, foi criado o distrito de Nossa Senhora da Ajuda de Cristais, como parte do município de Tamanduá (hoje, Itapecerica). No final de 1881, o distrito passou a pertencer ao município de Campo Belo.
Finalmente, em 1948, o município de Cristais foi criado, sendo instalado oficialmente em 1° de janeiro de 1949. Os naturais desse município são denominados “cristalenses”.